علائم هک شدن سایت بسیار متنوع هستند. دریافت پیام هشدار از گوگل، مشاهده اخطارهای مرورگر هنگام مراجعه به سایت یا نمایش پیام قطع شدن سایت توسط شرکت های هاستینگ، همگی می‌توانند نشانه‌هایی از هک شدن سایت باشند. خوشبختانه روش‌های سریع و رایگانی برای پی بردن به این موضوع وجود دارند.
از نشانه‌های رایج هک شدن سایت می‌توان به موارد زیر اشاره نمود:
